ВБ Ниш је здравствена установа секундарне здравствен заштите. Због развијене субспецијалистичке службе у неким сегментима на нивоу ВБ Ниш поседује и неке елементе субспецијалистичке здравствне заштите (кардиологије, ендокринологије, гастро-етеро-хепатологије, реуматологије, вирусологије и др).
Организована је тако да у свом саставу има
7 стационарних одељења :
- Одељење за хирушке болести,
- Одељење за унутрашње болести,
- Одељење за неурологију,
- Одељење за психијатријске болести,
- Одељење за ухо грло и нос,
- Одељење за очне болести,
- Одељење за заразне болести и
8 (осам) самосталних одељења и одсека:
- Одељење за радиологију,
- Одељење за стоматологију,
- Одсек за пријем болесника,
- Одсек за патолошку анатомију и
- Одсек за санитетско снабдевање,
- Одељење за примарну здравствену заштиту ( ОдПЗЗ)
- Одељење за медицинско психолошку селекцију (МПС)
- Одељење клиничко биохемијске лабораторије